Hallstätter See topographic map
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Durch den Mühlbach, in dessen Einzugsgebiet die Hallstätter Salzlagerstätten liegen, kommt es oft zu hohen Belastung durch Chlorid. Die Belastung des Sees konnte zunächst durch ein geändertes Salzabbauverfahren verringert werden. Im Oktober 2005 kam es zu einem Leitungsbruch im höher gelegenen Salzbergwerk, wodurch über den Mühlbach etwa 11.000 Kubikmeter Sole (entspricht 4000 Tonnen Salz, nach anderen Quellen 3000 Tonnen) in den See geflossen sind. Wegen der höheren Dichte des Salzwassers sank dieses in die Tiefe. Der Dichteunterschied war so groß, dass der See zunächst meromiktisch wurde, weil die natürlichen Durchmischungskräfte nicht ausreichten, um das schwere Salzwasser aus der Tiefe zu fördern. Der Lebensraum von Kleinlebewesen und Fischen, wie dem Seesaibling, war dadurch beschränkt. Kleine Verwirbelungen an der als Chemokline bezeichneten Sperrschicht bauten über mehrere Jahre den Unterschied ab; seit 2012 ist auch das Tiefenwasser wieder mit Sauerstoff angereichert und die meromiktische Phase ist beendet.